Satuan Audit Internal Universitas Muhammadiyah Surakarta (SAI-UMS) sebelumnya disebut Biro Auditor Internal (BAI) dibentuk pada tanggal 30 September 2006 melalui Surat Keputusan Rektor No.97/VII/2006 tentang Pengangkatan Tim Pembantu Pimpinan Universitas bidang Internal Auditor dan Surat Keputusan Rektor No.070/IV/2012 tentang struktur organisasi internal auditor. Biro Auditor Internal mengawal transparansi dan akuntabilitas keuangan universitas dan memiliki peran yang sangat strategis untuk mewujudkan tatakelola keuangan menuju Good University Governance. Berdasarkan SK Rektor No. 070/I/2017 tentang pengangkatan pejabat struktural Biro Auditor Internal, nama lembaga berubah menjadi Biro Auditor Internal UMS yang kedudukannya bertanggungjawab kepada Wakil Rektor II. Mulai tahun 2025, nama Biro Auditor Internal berubah menjadi Satuan Audit Internal (SAI) sesuai SK Rektor No. 232/IV/2025 tentang Pengangkatan Kepala Satuan Audit Internal UMS Masa Jabatan 2025 – 2029.